2008. aasta seisuga oli Jaapanis umbes 87 riiklikku ülikooli, 89 prefektuuri- või kohaliku omavalitsuse ülikooli ning ligikaudu 580 eraülikooli. Riiklikud ülikoolid (国立大学, kokuritsu daigaku) on Jaapanis üldiselt hästi mainega, eriti teadusuuringute ja akadeemilise õpetamise alal. Nendesse ülikoolidesse on sageli raskem sisse saada kui paljudesse era- või kohaliku omavalitsuse ülikoolidesse ning konkurss on tavaliselt suur.
2004. aastal viidi Jaapanis läbi ülikoolide haldusreform: riiklikud ülikoolid muudeti riiklikeks ülikoolikorporatsioonideks (国立大学法人, kokuritsu daigaku hōjin), mis andis neile rohkem iseseisvust ja vähendas otsekontrolli valitsuse poolt. Alates sellest ajast ei ole enamik ülikoolitöötajaid enam formaalselt riigiametnikud (国家公務員, kokka kōmuin) ning ülikoolidel on suurem vabadus eelarve, personali ja uurimisstrateegiate kujundamisel. Samuti on reform võimaldanud ülikoolidel paremini reageerida regionaalsetele ja globaalsetele vajadustele ning soodustanud koostööd erasektoriga.
Riiklikud ülikoolid jagunevad erinevatesse tüüpidesse: üldülikoolid, tehnika- ja teadusinstituudid, meditsiini- ja põllumajandusalased koolid, õpetajakoolid ja spetsialiseerunud kõrgkoolid. Mõnedest riiklikest ülikoolidest on saanud Jaapani akadeemilise elu juhtivad uurimiskeskused (nt endised imperial ülikoolid: Tokyo, Kyoto, Tohoku, Osaka, Kyushu, Hokkaido, Nagoya), mis on rahvusvaheliselt tuntud teadustöö poolest.
Alljärgnev on Jaapani riiklike ülikoolide loetelu (originaalis koostatud nimetustega):
- Aichi haridusteaduskond
- Akita Ülikool
- Asahikawa Meditsiiniülikool
- Chiba Ülikool
- Ehime Ülikool
- Fukuoka haridusteaduskond
- Fukushima Ülikool
- Gifu Ülikool
- Kõrgema astme ülikooli edasijõudnute ülikool (Graduate University for Advanced Studies)
- Gunma Ülikool
- Hamamatsu Ülikooli meditsiinikooli
- Hirosaki Ülikool
- Hiroshima Ülikool
- Hitotsubashi Ülikool (endine Tokyo College of Commerce)
- Hokkaido Ülikool (endine Hokkaido Imperial University)
- Hokkaido haridusteaduskond
- Hyogo õpetajakoolituse ülikool
- Ibaraki Ülikool
- Iwate Ülikool
- Jaapani arenenud teaduse ja tehnoloogia instituut
- Joetsu haridusteaduskond
- Kagawa Ülikool
- Kagoshima Ülikool
- Kanazawa Ülikool
- Kitami Tehnoloogiainstituut
- Kobe Ülikool
- Kochi Ülikool
- Kumamoto Ülikool
- Kyoto Tehnoloogiainstituut
- Kyoto Ülikool (endine Kyoto Imperial University)
- Kyoto Ülikooli haridusasutus
- Kyushu Tehnoloogiainstituut
- Kyushu Ülikool (endine Kyushu Imperial University)
- Mie Ülikool
- Miyagi haridusteaduskond
- Murorani Tehnoloogiainstituut
- Nagaoka Tehnoloogiaülikool
- Nagasaki Ülikool
- Nagoya Tehnoloogiainstituut
- Nagoya Ülikool (endine Nagoya Imperial University)
- Nara Teadus- ja Tehnoloogiainstituut
- Nara Hariduse Ülikool
- Nara Naiste Ülikool
- Naruto haridusteaduskond
- Riiklik poliitikauuringute instituut
- Kanoya riiklik spordi- ja spordiinstituut
- Niigata Ülikool
- Obihiro põllumajandus- ja veterinaarmeditsiiniülikool
- Ochanomizu Ülikool
- Oita Ülikool
- Okayama Ülikool
- Osaka Kyoiku Ülikool
- Osaka Ülikool (endine Osaka Imperial University)
- Otaru kaubandusülikool
- Saga Ülikool
- Saitama Ülikool
- Shiga Ülikool
- Shiga Meditsiiniteaduste Ülikool
- Shimane Ülikool
- Shinshu Ülikool
- Shizuoka Ülikool
- Tohoku Ülikool (endine Tohoku Imperial University)
- Tokyo Gakugei Ülikool
- Tokyo Tehnoloogiainstituut
- Tokyo Meditsiini- ja Hambaravi Ülikool
- Tokyo Põllumajandus- ja Tehnoloogiaülikool
- Tokyo Välisülikool
- Tokyo Mereteaduse ja -tehnoloogia Ülikool
- Tokyo Riiklik Kunsti- ja Muusikaülikool
- Tottori Ülikool
- Toyohashi Tehnoloogiaülikool
- Tsukuba Tehnoloogiaülikool
- Elektrokommunikatsiooni Ülikool
- Fukui Ülikool
- Miyazaki Ülikool
- Ryukyuse Ülikool
- Tokushima Ülikool
- Tokyo Ülikool (endine Tokyo Imperial University)
- Toyama Ülikool
- Tsukuba Ülikool
- Yamanashi Ülikool
- Utsunomiya Ülikool
- Wakayama Ülikool
- Yamagata Ülikool
- Yamaguchi Ülikool
- Yokohama Riiklik Ülikool
Jaapani valitsus on käivitanud ja toetanud ka muid kõrgkoolialgatusi (näiteks Jaapani Avatud Ülikool ja Okinawa Teadus- ja Tehnoloogiainstituut). Neid algatusi toetatakse riiklikult, kuid nende õiguslik ja halduslik staatus võib erineda tavapäraste riiklike ülikoolide omast.
Märkus: ülikoolide struktuur ja nimed võivad ajas muutuda (ühinemised, nimemuutused, staatusereformid). Täpsema ja ajakohasema info saamiseks soovitatakse kontrollida iga ülikooli ametlikku veebilehte või vastavat ministeeriumi/haridusasutuse teabeallikat.