Haplotüüp on termin geneetikas. See on lühend haploidsest genotüübist. Haplotüüp on kromosoomi tihedalt seotud geenide rühmas olevate konkreetsete alleelide (konkreetsete DNA-järjestuste) kogum. Klaster pärandub tavaliselt koos. Lihtsustatult öeldes on haplotüüp tihedalt seotud geenirühm, mille laps ühelt vanemalt pärib.

Haplotüübi teine tähendus on ühe nukleotiidi polümorfismide (SNP) kogum, mida tavaliselt leidub koos ühel kromatiidil (kromosoomipaari). Seega, kui haplotüübi järjestusest leitakse mõned alleelid, siis tuvastatakse kõik teised kohad selle piirkonnas. Selline teave on väga väärtuslik üldlevinud haiguste geneetika uurimisel.

Kuidas haplotüüpe määratakse (phaseerimine)

Haplotüübi määramine ehk phaseerimine tähendab alleelide seostamise selgitamist selle kohta, millised alleelid asuvad samal kromosoomikopeal. Peamised lähenemised:

  • Perekondlik lähenemine: trio-analüüs (isa, ema, laps) võimaldab selgelt määrata, millised alleelid pärinevad kumbki vanem.
  • Statistiline phaseerimine: kasutab populatsiooni-andmeid ja algoritme, et ennustada tõenäolisi haplotüüpe (nt populatsioonipõhised modelleerimisprogrammid).
  • Otsemõõtmised: pikkade loetavate järjestuste (long-read sequencing), linked-reads, single-cell või haplotype-resolved genoomide abil saab rekonstrueerida konkreetseid kromosoomi koopiaid ilma keerukast statistilisest infost.
  • Genotüübi-assotsiatsioonide ja imputation'i kasutamine: madalama eraldusvõimega genotüpiseerimisandmete täiendamine viiteandmete abil, et saada täielikum pilt haplotüüpidest.

Kasutusvaldkonnad

  • Haiguste geneetika ja GWAS: haplotüübid aitavad täpsustada, millised kombinatsioonid variante võivad olla seotud haiguste riskiga.
  • Põlvnemise ja populatsioonigenetika uuringud: haplotüüpidest saab lugeda populatsiooni ajaloolisest struktuurist, migratsioonist ja isolatsioonist.
  • Ancestry ja genealoogia: kahe või enama inimese haplotüüpide võrdlemine näitab nende geneetilise suguluse astet. Seda tehakse geneetilise genealoogia projektides.
  • Pharmacogenoomika: teatud ravimite toime võib sõltuda konkreetsetest haplotüüpidega seotud variantidest.
  • Õigusmeditsiin ja konservatsioonibioloogia: haplotüübid aitavad identifitseerida indiviide, populatsioone ja jälgida sugulussuhteid looduses.

Erinevused ja mõisted

On oluline eristada mõisteid haplotüüp ja haplogrupp. Haplotüüp viitab konkreetsele alleelide kombinatsioonile kindlas piirkonnas, samas kui haplogrupp on laiem taksonoomiline või ajalooline rühm, mis koosneb seotud haplotüüpide komplektist (sagedamini kasutusel Y-kromosoomi ja mitoDNA puhul, mis päranduvad vastavalt isalt ja emalt).

Y-kromosoomi ja mitochondriaalse DNA haplotüübid on eriti kasulikud sugupuu ja ajalooliste uuringute jaoks, sest need päranduvad peaaegu muutumatult mööda üksikut liini (Y isalt pojale, mtDNA emalt järeltulijaile).

Bioloogilised alused ja piirangud

Haplotüüpe mõjutavad rekombinatsioon ja domineeriv linkimise tugevus ehk linkage disequilibrium (LD). Rekombinatsioon aja jooksul lõhub haplotüüpide pikki bloke, nii et haplotüüpide suurus ja kestus sõltuvad liinist, populatsioonist ja recombination hotspotidest. Piirangutena tuleb arvestada:

  • Phaseerimise ebakindlus, eriti haruldaste variantide korral.
  • Järjestuse- ja genotüpiseerimisvead, mis võivad anda vale haplotüübi.
  • Struktuursed variandid ja keerulised kordused, mida traditsioonilised meetodid ei pruugi hästi teada.

Kokkuvõttes võimaldavad haplotüübid paremini mõista, kuidas geneetiline info koondub kromosoomil ja kuidas see mõjutab fenotüüpe, haigusriske ja pärandumist. Kahe või enama inimese haplotüüpide võrdlemine näitab nende geneetilise suguluse astet. Seda tehakse geneetilise genealoogia projektides.