Bionicle'i 2001-2008. aasta loo tegevus toimub teadusfantaasiamaailmas, kus elavad peamiselt osaliselt orgaanilised, osaliselt masinlikud olendid maa-aluses maailmas, mis eksisteerib tohututes kupplates maa all. Seda maailma (mida nimetati "Matorani universumiks") ja selle rahvaid kaitses kunagi Suur Vaim nimega Mata Nui, kuni kuri Makuta Teridax ja Makuta Vennaskond teda igavesse unne ajasid. Matorani maailm hakkas lagunema. Kuid Mata Nuis talletatud elu mask saadeti kosmosesse, et leida uus planeet. Mask maandus Bara Magna planeedil ja mask lõi väikese keha.
2009. aastal algas täiesti uus saaga, mis jätab eelnevad aastad seljataha ja avab uued võimalused, kui Mata Nui pärast Makuta Teridaxi poolt pagendamist maandub salapärasele karule planeedile nimega Bara Magna. Siin satub ta loo keskmesse ja leiab uusi liitlasi, püüdes leida viisi, kuidas päästa Matoranid ja Toa Makuta Teridaxi türannilisest valitsemisest.
2001 - Maskide otsimine
Lugu algab kuue Toa Mataga: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu ja Onua, kes saabuvad saarele, mida tuntakse Mata Nui saarena, ja ei mäleta midagi peale oma nimede. Nad avastasid, et elanikud, Matorani külaelanikud, seisavad silmitsi pidevate rünnakutega nakatunud Rahi'de poolt, metsikute metsloomade poolt, keda kontrollib Makuta Teridaxi võimas mõju, kasutades nakatunud Kanohi maske, põhjustades sõja, mis kestis umbes 1000 aastat. Pärast arvukate Kanohi maskide otsimist ja leidmist saavad Toa igaüks neist tohutu võimsusega kuldse Kanohi maski ja otsivad üles Makuta enda. Pärast väljakutse esitamist metsikutele Manas-krabidele ja Shadow Toa'dele (Toa'de kurjad doppelganger-taolised illusioonilised koopiad ) astuvad Toa vastu Makuta'le ja võidavad teda, ühendades oma elementaarseid jõude.
2002 - Bohroki parved
Tema lüüasaamisel vabastas Makuta iidse Bohroki. Bohrok on robotdroonid, mis olid loodud selleks, et "puhastada" Mata Nui saar "enne-aja" seisukorda. Bohrok hakkasid saare küladest läbi rebima, sundides Matoranid põgenema. Üks leidlik Maa Matoran, Nuparu, ehitab rikutud Bohroki osadest valmistatud võimsa sõiduki nimega Boxor, et võidelda parvede vastu. Toa, kes ei tea Bohroki eesmärki, kogub Bohroki Krana (maskitaolised olendid, mis toimivad nende ajudena), et astuda vastu Bohroki kuningannadele, Bahragile: Cahdok ja Gahdok. Löödud Cahdok ja Gahdok suletakse Toa elementaalkujude abil loodud vanglasse. Seejärel puutuvad Toa Mata kokku ainega nimega Energiseeritud Protodermis, mis muundab neid, andes neile uued soomused ja relvad. Nad nimetavad end ümber "Toa Nuva".
2003 - Bohrok-Kali streik ja valguse mask
Kui Cahdok ja Gahdok on alistatud, peatatakse Bohrokide parved ja saadetakse tagasi oma tarudesse. Siiski ilmus kuus uut eliitbohrokit, keda nimetatakse Bohrok-Kal, eesmärgiga vabastada Bahrag. Seejärel asusid nad varastama Toa Nuva võimeid, mis on võti pitseri murdmiseks. Lüüasaamise äärel sundisid Toa kõik oma jõud Bohrok-Kalile, mis neid üle koormas ja võitis.
Varsti pärast seda avastasid kaks matorani, Takua ja Jaller, Kanohi Valguse Maski. Neile tehti ülesandeks reisida üle Mata Nui saare, et leida Valguse Toa. Vahepeal lõi Makuta kuus olendit nimega Rahkshi, kes saatsid nad välja, et leida mask ja peatada Valguse Toa tulek. Rahkshi tormasid üle Mata Nuile, hävitades Ta-Koro ja Onu-Koro külad. Toa peatas Rahkshi, kuid mitte enne Jalleri tapmist. Jalleri surm pani Takua mõistma, et ta on Valguse Toa, ja ta võttis endale maski, et saada Toa Takanuvaks. Takanuva läks Makuta vastu ja nende lahingu ajal langesid nad mõlemad energeetilise protodermise, hõbedase aine, millel on võime muuta või hävitada olendit, lompi ja sulasid kokku olendiks Takutanuva. Takutanuva jätkas seejärel Metru Nui linna ukse avamist, lastes Matoranidel ja Toadel läbi. Kasutades osa oma eluenergiast, elustas ta Jalleri, hoides samal ajal ust lahti. Kuid energia kasutamine oli liiga suur ja Takutanuva purustas ukse, mis näis tapvat nii Takanuva kui ka Teridaxi, jättes alles vaid Takanuva Valguse Maski. Takanuva elustati kohe, kui tema maski abil aktiveeriti majakas Metru Nuile. Pärast seda valmistusid Matoranid naasma Metru Nui saarelinna.
2004 - Metru Nui legendid
Kui matoranid valmistusid Metru Nuile minekuks, paljastasid Turaga (külavanemad), et nad olid kunagi olnud Toad, kes võitlesid Metru Nuil selliste ohtude vastu nagu Morbuzahhi taimeolend ja Dume'i kontrolli all olevad Vahki täitevrühmad. Matoranidena muutusid nad Toa Lhikani poolt ohverdatud Toa kividega, mis sisaldasid jõudu, Toa Metru'ks. Nende ülesanne oli leida kuus Suurt Ketta ja võita Morbuzakh, taimne oht, mis ähvardas linna hävitada. Kui nad seda siiski tegid, reetis neid Dume, linna Turaga. Hiljem avastasid nad, et Makuta Teridax oli võtnud Dume'i maskeeringu ja võtnud kontrolli Vahki (õiguskaitse robotid) üle. Tema plaan oli panna Matoranid magama, kustutada nende mälestused ja äratada nad uuesti "oma vallutajana". Toa põgenes, kuid teda ründas Teridax. Kombineerides oma elementaarseid võimeid, suutsid nad Teridaxi sulgeda kristalliseerunud protodermise vanglasse. Toa rändasid uuele saarele, mis hiljem sai tuntuks kui Mata Nui, lubades tagasi tulla, et päästa Matoranid.
2005 - Varjude võrk
Nad naasevad. Kuid saarel valitsevad kuri kuningas Sidorak ja tema asevalitseja Roodaka, kelle käsutuses on kurjad ämblikulaadsed olendid, keda kutsutakse Visorakiks. Toa võeti peagi vangi ja muteeriti metsikuteks Toa Hordika'deks. Selleks, et normaalseks muutuda, otsisid Toa üles legendaarse Rahi Keetongu. Toa Vakama aga reetis teised Toad ja liitus Sidorakiga, kes tegi temast Visoraki juhi. Teised Toa astusid Visoraki hordile vastu suures lahingus ja veensid Vakamat ühinema nendega. Seejärel käskis Vakama Visorakid vabastada. Keetongu tappis seejärel Sidoraki, kelle Roodaka ja Vakama reetsid. Kuue Toa võitis seejärel Roodaka kõigi kuue elementaarjõu abil. Kuid selle kõrvalmõjuna vabanes Makuta, sest Roodaka kandis endas killukest tema vanglast. Toa lõi teda sel põhjusel maha. Keetongu poolt taastatud Toa Metru viis Matorani uuele saarele. Kui nad ohverdasid oma väe Matorani äratamiseks, muutusid nad Turagaks ja rajasid hiljem sellel saarel, mida nimetati Mata Nuiks, uued külad.
2006 - Hukatuse saar
Toa Nuva sai teada, et Mata Nui mitte ainult ei maganud, vaid oli suremas. Et teda päästa, peavad nad reisima Voya Nui saarele ja otsima salapärase Kanohi Ignika, Elu Maski. Toa Nuva asub sellele seiklusele, kuid satub kiiresti kuue uue ja võimsa vaenlase, Piraka vangi: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak ja Avak. Nad otsivad maski oma pimedate eesmärkide saavutamiseks. Kui Toa ei tulnud tagasi, järgnes neile kuuest Matoranist koosnev rühm. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu ja Matoro põgenesid Toa kanistrites saarele, kuid reisil olles muutsid Punase Tähe valgusvihud nad Toa Inikaks. Kohale jõudes saavad nad teada Pirakast ja sellest, kuidas nad orjastasid kohalikud Matoranid, esinedes vale-Toa'dena, et panna Matoranid neile kindluse ehitama. Väikese Matorani vastupanu ja iidse kaitsja Axonni abiga suutsid Toa Inika vabastada Toa Nuva, leida maski templi ja võidelda nii Piraka kui ka teiste seda valvavate olendite vastu. Lõpuks tulid nad koos Kanohiga võitjaks. Kuid Elumaskil oli oma tahe ja viimasel hetkel põgenes ta kõigist neist, tormates mere sügavustesse.
2007 - Pimeduse meri
Pärast Elu Maski tagaajamist laskusid Toa Inika veekogudesse pärast seda, kui nad olid saanud salapärase vihje "päästa uppunud linn" ühelt tundmatult Matoranilt, kes oli Hahli uppumisest päästnud, selle hinnaga, et ta suri dekompressioonihaiguse tõttu.[14] Elu Maski energiapuhang muutis Toa Inika vees hingavateks vormideks. Nad avastasid Mahri Nui asustatud küla, mis oli Voya Nuist lahku löönud ja tuhat aastat tagasi uppunud. Küla ohustasid iidsed sõjapealikud, keda tuntakse Barraki nime all ja kes olid mutatsioonidega seotud lähedalasuvate mutageensete vete, mida nimetatakse "Auku", tõttu. Toa, keda nüüd tuntakse Toa Mahri nime all, astus Barraki vastu välja, et ellu jääda. Kuid selleks ajaks, kui Toa maski tagasi sai, suri Suur Vaim. Mõistes, et on veel lootust, tormas Toa Matoro universumi tuumasse ja ohverdas oma elu, et Mata Nui taaselustada. Oma elu viimastel hetkedel kasutas Toa Matoro maski jõudu, et teleporteerida Toa Mahri tagasi Metru Nuile ja võimaldada neil taas õhku hingata. Suure Vaimu elu oli päästetud, kuid ta tuli veel äratada.
2008 - Lõpplahing
Pärast seda, kui Artakha oli neile andnud uued soomused ja relvad, jõudis Toa Nuva Karda Nuile, universumi tuumale. Seal kohtusid nad Makuta'ga, kes püüdsid muuta Av-Matoranide - valguse Matoranide - elanikkonda Varjumatoranideks. Toa Nuva'd aitas Takanuva saabumine, kes nüüd tänu varjupõie rünnakule suudab kontrollida Valgust ja Varju, ja Toa Ignika, kes on Elu Mask ise. Kanohi Ignika oli teinud endale keha, sest soovis näha, mis tunne on olla elusolend. Oma ühendatud jõududega jõudsid nad Karda Nui keskel asuvasse struktuuri nimega Codrex, kus Toa Ignika pidi oma uue keha ohverdama, et äratada Mata Nui. Takanuva tõi allesjäänud rikutud Av-Matoranide abiga Varjumatoranid tagasi nende endisesse seisundisse. Varsti pärast seda põgenesid Toad tuumast, enne kui Mata Nui ärkamisest põhjustatud energiatorm neid hävitada jõudis. Makuta aga ei suutnud põgeneda ja nad kõik tapeti. Tagasi Metru Nuil tähistati Mata Nui ärkamist, kuid pidustused katkesid, kui selgus, et Teridax oli võtnud üle Mata Nui keha, mis ilmnes Matorani universumis. Lõksutades Mata Nui vaimu Elu Maski, saatis ta selle kosmosesse lendama, et endine Suur Vaim ei saaks sekkuda tema kontrollimisse universumi üle.
2009 - Legend sündis uuesti
Bionicle'i lugu jätkub pärast seda, kui Makuta Teridax on Mata Nuid oma kehast välja pagendanud, planeedile nimega Bara Magna. Välja arvatud mõned metsloomaliigid, on Bara Magna viljatu kõrbeplaneet, mis toetab vaid väheseid ressursse, nii et igal planeedil oleval hõimul on mõned sõdalased, keda nimetatakse glatoriaanideks, kes nende eest võitlevad. Need ressursid, nagu toit ja vesi, on vastavalt jaotatud. Selle maailma elanikud on tuntud kui Agori. Agorid moodustavad kokku kuus erinevat hõimu, millest igaüks on seotud ühe piirkonnaga. Pärast seda, kui Elu Mask maandub Bara Magnale, loob see Mata Nuile keha, mida ta saab kasutada. Seejärel ühendab Mata Nui end mõne glatoriaanlasega, et alistada Skrallide ja luuküttide, kahe peamise külaohu, ühinenud jõud ning otsida võimalust oma kehasse tagasi pöörduda. Oma uute glatorlaste ja agori sõprade abiga paljastab ta reeturi nimega Metus ning võidab Skralli ja luuküttide vastu. Ta aitab maailma küladel ühineda, võttes kõik hiiglaslikud robotitükid ja ühendades need suureks robotkeha prototüübiks, keha nagu Matorani universumis elab.
2010 - Journey's End
Pärast Skrallide võitmist ja ülejäänud külade ühinemist seisab Mata Nui vastu väljakutsele võtta oma vana keha Teridaxilt tagasi. Ta saab teada, et ta loodi Suurte Olendite poolt planeedil Spherus Magna, mis on nüüd tuumasõja tagajärjel jagatud džunglikuks kuuks (Bota Magna), ookeanikuuks (Aqua Magna) ja ülejäänud kõrbeplaneediks (Bara Magna). Mata Nui saab ka teada, et enne tema ehitamist oli olemas eelmine robot, mida agorid kasutavad oma koduks. Üks Tesara Agori nimega Tarduk aitab Mata Nuit, näidates talle iidset energiaallikat, mis võiks vana robotit jõudu anda.
Sellel viimasel teekonnal naasevad kaks kangelast, et lõpetada võitlus: Tahu, kes on naasnud oma algsesse vormi, et kanda võimsat Kuldset Relvastust, ja Takanuva. Neid abistab Gresh. Nad võitlevad Skakdi sõjapealiku Nektanni vastu, et alistada Makuta ja tema armee, kuumalennuga relvastatud Rahkshi hordid ja Skrall.
Lugu jätkub, kui nii Matorani universumi kui ka Glatoriani jõud seisavad silmitsi Skakdi, Rahkshi ja Skralli pealetungiga. Makuta lööklaine poolt laiali pillatud kuldse soomuse koguvad Tahu, Gresh ja Takanuva paljudest vaenlastest kokku. Tahu võidab Skakdi sõjapealiku Nektanni ja võtab seejärel soomuse selga, mis põletab kõik Rahkshi Kraatad Bara Magnas.
Teridax väidab, et ta hävitab Bara Magna gravitatsioonienergiaga, kuni Mata Nui sunnib tema kätt ülespoole, mille tagajärjel Teridax saadab energialaine ülevalpool olevatele kuudele. Mata Nui lükkab Teridaxi tagasi ühele pealetungivale kuule, Bota Magna rohelisele kuule, mille kokkupõrge hävitab tema tuumaprotsessori, mis tapab Teridaxi. Mata Nui leinab seejärel oma mõtetes venda, kes tal oleks võinud olla.
Finaal lõpeb sellega, et Mata Nui kasutab oma jõudu ja Elu Maski jõudu, et tuua Spherus Magna taas kokku, tervendada neid, keda Pit Mutagen muutis, tuua elu tagasi planeedile ja taastada hävitatud geograafilised jooned. Pingutus põhjustab tema energiasüdamiku hajumise, hävitades roboti prototüübi. Kui Glatorian ja Toa avastavad Ignika vigastamata kohas, kus Mata Nui oli, räägib Mata Nui nendega Elu Maski seest. Ta ütleb neile, et tulevik on nende oma ja nende endi päralt. Seejärel jääb ta Ignikasse magama. Agori, Matoran, Toa, Glatorian ja kõik teised alustavad uut elu Spherus Magnal.
Bionicle'i tulevik
Bionicle'i mänguliin lõppes 2009. aasta lõpus, pärast seda, kui 2010. aasta komplektid olid lõplikult valmis ja asendati 2010. aasta suvel Hero Factory'ga, mis on Bionicle'i komplektidega ühilduv Lego teema. Kuid sellest hoolimata jätkub lugu Greg Farshtey kirjutatud seeriates internetis aadressil BIONICLEstory.com.
