Genoom
Organismi genoom on kogu tema DNA-s (või mõnede viiruste puhul RNA-s) kodeeritud pärilikkusega seotud teave. See hõlmab nii geene kui ka DNA mittekodeerivaid järjestusi. Professor Hans Winkler lõi selle mõiste 1920. aastal.
Winkleri definitsioon on tõlkes järgmine:
"Pakun haploidse kromosoomikomplekti jaoks väljendusgenoomi, mis koos asjakohase protoplasmaga määrab liigi materiaalse aluse ...." p165
Ükski haploidne kromosoomikomplekt ei määratle aga isegi ühe liigi DNA-d. Kuna populatsioonil on väga palju erinevaid alleele, on iga indiviid geneetiliselt erinev. Isegi diploidne indiviid kannab geneetilist mitmekesisust. Seetõttu eelistas Dobzhansky "kromosoomikomplekti", ja nüüd peab määratlus olema laiem kui Winkleri määratlus. Haploidse kromosoomikomplekti genoom on vaid näide liigi kogu geneetilisest mitmekesisusest.
Terminit "genoom" võib kasutada konkreetselt tuuma-DNA täieliku kogumi (tuuma genoom) all, kuid seda võib kasutada ka organellide kohta, mis sisaldavad oma DNA-d, nagu näiteks mitokondriaalne genoom või kloroplastide genoom.
Genoomi suurused
| Organism | Genoomi suurus (aluspaarid) | Märkus |
| Viirus, bakteriofaag MS2 | 3569 | Esimene sekveneeritud RNA-genoom |
| Viirus, SV40 | 5224 | |
| Viirus, faag Φ-X174 | 5386 | Esimene sekveneeritud DNA-genoom |
| Viirus, faag λ | 5×10 4 | |
| Bakter, Candidatus Carsonella ruddii Bacterium, Candidatus Carsonella ruddii | 1.6×10 5 | Väikseim mitte-viiruslik genoom, veebruar 2007 |
| Bakter, Escherichia coli | 4×10 6 | Kõige paremini uuritud bakter. |
| Bakter, Solibactoer usitatus | 1×10 7 | Suurim teadaolev bakterigenoom |
| Protist, Amoeba dubia | 6.7×10 11 | Suurim teadaolev genoom, kuid vaieldav. |
| Taim, Arabidopsis thaliana | 1.57×10 8 | Esimene taimede genoomi sekveneerimine, detsember 2000. |
| Taim, Genlisea margaretae | 6.34×10 7 | Väikseim registreeritud õitsva taime genoom, 2006. |
| Taim, Fritillaria assyrica | 1.3×10 11 | |
| Taim, Populus trichocarpa | 4.8×10 8 | Esimene puu genoom, september 2006 |
| Pärm, Saccharomyces cerevisiae | 2×10 7 | |
| Seened, Aspergillus nidulans | 3×10 7 | |
| Nematood, Caenorhabditis elegans | 9.8×10 7 | Esimene hulkraksete loomade genoom, detsember 1998. |
| Putukas, Drosophila melanogaster ehk puuviljakärbes. | 1.3×10 8 | |
| Putukas, Bombyx mori ehk siidikoi. | 5.30×10 8 | |
| Putukas, Apis mellifera ehk meemesilane | 1.77×10 9 | |
| Kala, Tetraodon nigroviridis, puhvrikala liik | 3.85×10 8 | Väikseim teadaolev selgroogsete genoom |
| 3×10 9 | ||
| Kala, Protopterus aethiopicus ehk marmorjas kopsukala | 1.3×10 11 | Suurim teadaolev selgroogsete genoom |
Märkus: ühe inimraku DNA pikkus on ~1,8 m (kuid laius ~2,4 nanomeetrit).
Seotud leheküljed
- Gene
- Järjestuse analüüs
- Inimese genoom
- ENCODE: inimese genoomi täielik analüüs
Küsimused ja vastused
K: Mis on genoom?
V: Genoom on kogu organismi pärilikkust sisaldav teave, mis on kodeeritud organismi DNA-s (või mõnede viiruste puhul RNA-s). See hõlmab nii geene kui ka DNA mittekodeerivaid järjestusi.
K: Kes on loonud mõiste "genoom"?
V: Professor Hans Winkler lõi mõiste "genoom" 1920. aastal.
K: Mida defineeris Winkler genoomina?
V: Winkler defineeris genoomi kui "haploidset kromosoomikomplekti, mis koos asjakohase protoplasmaga määrab liigi materiaalse aluse".
K: Kas igal indiviidil on geneetiline mitmekesisus?
V: Jah, tänu populatsioonis kantavatele alleelidele on iga indiviid geneetiliselt erinev. Isegi diploidsed indiviidid kannavad geneetilist mitmekesisust.
K: Mida tähendab see, kui me ütleme "tuumgenoom"?
V: Kui me räägime "tuumgenoomist", siis tähendab see konkreetselt kogu tuuma-DNA-d.
K: Kas lisaks tuumgenoomile on ka teisi genoome?
V: Jah, on olemas ka mitokondriaalne genoom ja kloroplastide genoom, mis sisaldavad oma DNA-d.
