Taksonoomia on teadusharu. See käsitleb asjade klassifitseerimise seadusi ja põhimõtteid. Ühe taksonoomiatüübi põhjal võib koostada palju klassifikaatoreid. Taksonoomia hõlmab nii organismide määramist ja nimestamist kui ka nendevaheliste sugulussuhete uurimist ning rühmitamist vastavalt sarnasustele ja evolutsioonilisele päritolule. Tänapäeval kombineeritakse morfoloogilisi, käitumuslikke ja geneetilisi andmeid, et luua võimalikult usaldusväärne hierarhia.
Taksonoomia tuntuim liik on kasutusel eluvormide (elusate ja väljasurevate) liigitamiseks. Igal organismil on teaduslik nimi. See nimi on osa selle liigi bioloogilisest klassifikatsioonist. Nimi on kogu maailmas sama, nii et eri paikade teadlased saavad üksteisest aru. Lisaks sellele on liigil positsioon elupuus. Nii on vares Corvus corone, mis kuulub Corvidae perekonda ja on lendoravate lindude hulka. Selles ollakse hästi kokku leppinud, kuid mõnede rühmade liigitamises ei ole praegu kokku lepitud ja sageli arutletakse mitme liigituse üle. Klassifikatsioon muutub, kui ilmnevad uued andmed (näiteks DNA-uurimused) või kui teadlased tõlgendavad andmeid erinevalt; seetõttu eksisteerib sageli mitu alternatiivset skeemi samme ja rühmituste tasemel.
Elusolendid liigitatakse kolme valdkonda: bakterid, arheoidid ja eukarüoodid. Valdkonna kõrgeim aste on kuningriik. Igas kuningriigis on palju väiksemaid rühmi, mida nimetatakse perekondadeks. Igas sugukonnas on rohkem väiksemaid rühmi, mida nimetatakse klassideks. See muster näeb välja nagu puu oksad, millest kasvavad väiksemad harud. Iga liik paigutatakse rühma sellepärast, mida ta teeb, kuidas ja mida ta sööb, erilised kehaosad jne. Mustri lõpus on rühmad (perekonnad) väga väikesed. Seejärel antakse igale liigile perekonnas oma nimi. Lisaks peamistele hierarhiatasetele on taksonoomias palju vahe-astmeid (nt alamkuningriik, filum/õõs, alafilm, üleklassi, alamperekond, hõimkond jpm), mida kasutatakse vajaduse korral üksikasjalikuma liigituse jaoks.
Kui keegi kirjutab elusolendi ja selle ametliku teadusliku nimetuse kohta, kirjutab ta perekonna ja liigi nime. Seda tuntakse binoominaalnenomenklatuur, sest iga organismi kohta kasutatakse kahte nime. Esimene on perekonna nimi ja teine on selle perekonna liik. Kodukassi teaduslik nimi on Felis catus. Mõnikord piisab, kui kirjutada F. catus. Nime kirjutamisel järgitakse reegleid: perekonnanimi algab suure tähega ja liiginimi väikese tähega ning tavaliselt kirjutatakse nimed kursiiviga (Genus species). Mõnikord lisatakse nimele autor (kes liigi esmakordselt kirjeldas) ja kirjeldamise aasta, samuti viide tüüpnäidisele (type specimen), mis tagab nime fikseerituse teaduslikus kirjanduses.
Need on peamised taksonoomias kasutatavad rühmad (astmed): Klass --> Kord --> Perekond --> Sugukond --> Sugukond --> Liigid
Alljärgnevalt on järjestus selgemalt ja täpsemalt (kõige üldisemast kõige spetsiifilisemani). Samuti on toodud lühivormid ladina keelest või rahvusvahelisest terminoloogiast, mida teaduses sageli kasutatakse:
- Domeen / valdkond (domain / domeen, nt Bacteria, Archaea, Eukarya)
- Kuningriik (kingdom / regnum, nt Animalia, Plantae)
- Filum / hõim (phylum) (phylum / filum, mõnikord kasutusel jaotus või hõim)
- Klass (class)
- Järk / kord (order / ordo)
- Sugukond (family / familia)
- Perekond (genus)
- Liik (species)
Lisaks kasutatakse vaheastmeid nagu alamperekond (subgenus), üleperekond (superfamily), alamklass (subclass) jne, et kirjeldada keerukamaid sugulussuhteid. Oluline on märkida, et mõnede autorite terminoloogias võivad Eesti-vasted varieeruda; seepärast on lihtsam sageli viidata ka ladinakeelsetele ametlikele terminitele.
Mõned mnemoonikad (ütlused, mis aitavad inimesel midagi meelde jätta):
- Kuningas Philippus tuli üle Suur-Hispaaniast
- Kuningas Phillip tuli viinamarjasooda järele
- Hoidke tiigid puhtad või konnad haigestuvad
Need lausendid on abiks hierarhia järjekorra meeldejätmiseks, kuid taksonoomia ise tugineb konkreetsetele diagnostilistele tunnustele, kirjeldustele ja sageli ka geneetilistele andmetele. Samuti tuleb meeles pidada, et eri keeltes ja õpikutes võivad mnemoonikad välimuselt erineda, kuid eesmärk jääb sama — meelde jätta suuremast väiksemani kulgev järjestus.
Kui inimesed hakkasid liike nimetama, oli ladina keel Euroopas laialdaselt kasutusel. Kõik liiginimed on ikka veel ladina keeles. Sellel on mõned eelised. Kuna ladina keelt enam ei räägita, on see muutumatu ja ei kuulu kellelegi. See aitab lahendada probleemi, et igal keelel on oma loomade ja taimede nimed. Tänapäevalki paljud liiginimed on oma algupäraselt ladinakeelsed või ladinastatud vormid; nad võivad pärineda ka kreeka keelest, kohanimedest, isikunimedest või omadussõnadest, mis on latineeritud vastavalt nomenklatuuri reeglitele.
Teadlased kirjutasid varem iga uue liigi ametliku kirjelduse ladina keeles. Alates 1. jaanuarist 2012 lubab Rahvusvaheline Botaanikakongress uute taimeliikide kirjeldamisel kasutada lisaks ladina keelele ka inglise keelt. Rahvusvaheline zooloogiline nomenklatuuri koodeks soovitab valida keele, mis on laialdaselt kasutusel ja mida kasutatakse seal, kus liik elab.
Lisaks on rahvusvahelisi reegleid ja koodekseid, mis reguleerivad nime andmise korda ja prioriteeti (nt International Code of Zoological Nomenclature loomadele, International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants taimeriigile ja samalaadsed reeglid viiruste ja mikroorganismide kohta). Nende eesmärk on tagada, et iga ametlikult kehtiv nimi oleks unikaalne, hästi kirjeldatud ja jälgitav teadusliku kirjanduse kaudu.
Kokkuvõtteks: taksonoomia on elusolendite kirjeldamise, nimetamise ja järjestamise teadus, mis kasutab hierarhilisi rühmi ning rahvusvahelisi reegleid, et teadlased üle maailma saaksid tõhusalt ja üheselt mõistetavalt organismidest rääkida. Uued meetodid, eriti molekulaarbioloogia ja filogeneetika, mõjutavad pidevalt seda, kuidas liike ja suuremaid rühmi omavahel seostatakse ja nimetatakse.