Millalgi 1779. aasta mai alguses kohtus Arnold Stansburyga. Stansbury, kelle ütlused Briti komisjoni ees paigutasid selle kuupäeva ilmselt ekslikult juunisse, ütles, et pärast kohtumist Arnoldiga "läksin salaja New Yorki, et pakkuda Sir Henry Clintonile [Arnoldi] teenuseid". Eirates Arnoldi juhiseid mitte kaasata kedagi teist vandenõusse, ületas Stansbury Briti piire ja läks New Yorki Jonathan Odelli juurde. Odell oli lojaalne, kes töötas koos William Frankliniga, New Jersey viimase koloniaalkuberneri ja Benjamin Franklini pojaga. 9. mail tutvustas Franklin Stansbury't major Andrele, kes oli just nimetatud Briti spioonijuhiks. Sellest algas Arnoldi ja André vaheline salajane kirjavahetus, milles mõnikord kasutati Arnoldi abikaasat Peggyd kui vabatahtlikku vahendajat ja mis kulmineerus enam kui aasta hiljem Arnoldi pooltevahetusega.
Salajane side
André rääkis kindral Clintoniga, kes andis talle laialdased volitused Arnoldi pakkumise elluviimiseks. Seejärel koostas André juhised Stansburyle ja Arnoldile. See esimene kiri avas arutelu selle üle, millist abi ja luureandmeid Arnold võiks pakkuda, ning sisaldas juhiseid, kuidas edaspidi suhelda. Kirjad edastatakse läbi naisringi, kuhu Peggy Arnold kuulus, kuid ainult Peggy on teadlik, et mõned kirjad sisaldavad nii koodiga kui ka nähtamatul tindil kirjutatud juhiseid, mis tuleb edastada André'le, kasutades Stansbury'd kullerina.
1779. aasta juuliks edastas Arnold brittidele vägede asukohad ja tugevused, samuti varustusladude asukohad, pidades samal ajal läbirääkimisi kompensatsiooni üle. Algul palus ta hüvitist oma kaotuste eest ja 10 000 naelsterlingit, summa, mille kontinentaalne kongress oli andnud Charles Lee'le tema teenete eest kontinentaalarmees. Kindral Clinton, kes jätkas kampaaniat Hudsoni jõe oru kontrolli alla saamiseks, oli huvitatud West Pointi ja teiste Hudsoni jõe äärsete kaitserajatiste plaanidest ja teabest. Samuti hakkas ta nõudma isiklikku kohtumist ja soovitas Arnoldile, et ta taotleks veel üht kõrgetasemelist käsku. Oktoobriks 1779 olid läbirääkimised peatunud. Lisaks sellele otsisid patriootide rahvamassid Philadelphias lojaalseid ning Arnoldi ja Shippeni perekonda ähvardati. Kongress ja kohalikud ametivõimud lükkasid Arnoldi taotlused enda ja tema sugulaste julgeolekuabinõude kohta tagasi.
Sõjakohus
Arnoldi vastu esitatud süüdistusi arutav sõjakohus hakkas kokku tulema 1. juunil 1779, kuid see lükkus edasi kuni detsembrini 1779, kuna kindral Clinton vallutas Stony Pointi, New Yorki osariigis, mis pani armee reageerima. Hoolimata sellest, et mitmed kohtunike kogu liikmed olid Arnoldi suhtes varasemate sõja aegsete tegude ja vaidluste tõttu halvasti meelestatud mehed, vabastati Arnold 26. jaanuaril 1780. aastal kõigist süüdistustest peale kahe väiksema süüdistuse. Arnold töötas järgmiste kuude jooksul selle asjaolu avalikustamiseks; aprilli alguses, vaid nädal pärast seda, kui Washington oli õnnitlenud Arnoldi 19. mail sündinud poja Edward Shippen Arnoldi puhul, avaldas Washington siiski ametliku noomituse Arnoldi käitumise kohta.
Ülemjuhataja oleks olnud palju õnnelikum, kui ta oleks saanud anda tunnustusi ohvitserile, kes on osutanud oma riigile nii silmapaistvaid teeneid kui kindralmajor Arnold; kuid käesoleval juhul kohustavad kohusetunne ja ausus teda teatama, et ta peab tema käitumist [süüdimõistetud tegevuses] ettevaatamatuks ja ebakorrektseks.
- George Washingtoni avaldatud teade, 6. aprill 1780
Varsti pärast Washingtoni noomitust jõudis kongressi uurimine tema kulutuste kohta järeldusele, et Arnold ei olnud suutnud täielikult aru anda oma Quebec'i sissetungi ajal tehtud kulutuste kohta ja et ta oli kongressile võlgu umbes 1000 naelsterlingit, peamiselt seetõttu, et ta ei suutnud neid dokumenteerida. Suur osa neist dokumentidest läks Quebecist taganemise ajal kaduma; vihane ja pettunud Arnold loobus aprilli lõpus Philadelphia sõjaväejuhatusest.
Pakkumine West Pointi loovutamiseks
Aprilli alguses oli Philip Schuyler pöördunud Arnoldi poole võimalusega anda talle West Pointi komando. Schuyleri ja Washingtoni vahelised arutelud sel teemal ei olnud juuni alguseks vilja kandnud. Arnold avas uuesti salajased kanalid brittidega, teavitades neid Schuyleri ettepanekutest ja lisades Schuyleri hinnangu tingimuste ja West Pointi kohta. Samuti andis ta teavet kavandatava Prantsuse-Ameerika sissetungi kohta Quebecisse, mis pidi minema ülespoole Connecticuti jõge. (Arnold ei teadnud, et see kavandatav sissetung oli pettus, mille eesmärk oli Briti ressursside kõrvalejuhtimine). 16. juunil inspekteeris Arnold West Pointi, kui ta oli teel koju Connecticutisse isiklikke asju ajama, ja saatis salajase kanali kaudu väga üksikasjaliku aruande. Kui ta jõudis Connecticutisse, korraldas Arnold oma sealse kodu müümise ja hakkas New Yorgis asuvate vahendajate kaudu vara Londonisse üle kandma. Juuli alguseks oli ta tagasi Philadelphias, kus ta 7. juulil kirjutas Clintonile veel ühe salajase sõnumi, milles andis mõista, et tema nimetamine West Point'i oli kindel ja et ta võib isegi pakkuda "tööde joonistust ... mille abil te võite [West Point'i] ilma kaotusteta võtta".
Kindral Clinton ja major André, kes naasid 18. juunil Charlestoni piiramiselt võidukalt tagasi, said sellest uudisest kohe osa. Clinton, kes oli mures, et Washingtoni armee ja Prantsuse laevastik ühinevad Rhode Islandil, seadis taas eesmärgiks West Pointi kui strateegilise punkti vallutamise. André, kelle luurajad ja informaatorid jälgisid Arnoldi tegevust, kontrollis tema liikumist. Väljavaadetest vaimustatuna teavitas Clinton oma ülemusi oma luurepöördumistest, kuid ei vastanud Arnoldi 7. juuli kirjale.
Järgnevalt kirjutas Arnold Clintonile terve rea kirju, isegi enne, kui ta võis oodata vastust 7. juuli kirjale. Oma 11. juuli kirjas kurtis ta, et britid ei näi teda usaldavat, ja ähvardas läbirääkimised katkestada, kui ei saavutata edu. 12. juulil kirjutas ta uuesti, tehes selgesõnalise pakkumise West Pointi loovutamiseks, kuigi tema hind (lisaks oma kahjude hüvitamisele) tõusis 20 000 naelsterlingini, kusjuures 1000 naelsterlingi ettemaksu pidi andma koos vastusega. Need kirjad toimetas kätte mitte Stansbury, vaid Samuel Wallis, teine Philadelphia ärimees, kes luuras brittide heaks.
West Pointi väejuhatus
3. augustil 1780 sai Arnold West Pointi ülemaks. 15. augustil sai ta Andrelt kodeeritud kirja, milles oli Clintoni viimane pakkumine: 20 000 naelsterlingit ja mitte mingit hüvitist tema kaotuste eest. Kuna sõnumite edastamisel üle liinide oli raskusi, ei teadnud kumbki pool veel mõne päeva jooksul, et teine pool oli selle pakkumisega nõus. Arnoldi kirjades esitati jätkuvalt üksikasjalikke andmeid Washingtoni vägede liikumise kohta ja anti teavet organiseeritavate Prantsuse tugevduste kohta. 25. augustil edastas Peggy talle lõpuks Clintoni nõusoleku tingimustega.
Andes Arnoldile West Pointi komandot, andis Washington talle ka volitused kogu Ameerika Ühendriikide kontrolli all oleva Hudsoni jõe üle Albanyst kuni Briti liinideni New Yorgi linnast väljaspool. Teel West Pointisse uuendas Arnold tutvust Joshua Hett Smithiga, kellest Arnold teadis, et ta oli teinud luuretööd mõlemale poolele ja kellele kuulus maja Hudsoni läänekalda lähedal West Pointist lõuna pool.
Kui ta oli West Pointis end sisse seadnud, hakkas Arnold süstemaatiliselt nõrgestama selle kaitsevõimet ja sõjalist jõudu. Vajalikku remonti üle Hudsoni ahelas ei tellitud kunagi. Väed jagati Arnoldi juhtimispiirkonnas heldelt laiali (kuid West Pointis endas ainult minimaalselt) või varustati Washingtoni nõudmisel. Samuti saatis ta Washingtonile kaebusi varustuse puudumise kohta, kirjutades: "Kõigest on puudu". Samal ajal püüdis ta West Pointi varusid tühjendada, et piiramine oleks tõenäolisemalt edukas. Tema alluvad, kellest mõned olid kauaaegsed kaastöötajad, nurisesid varustuse ebavajaliku jaotamise üle ja jõudsid lõpuks järeldusele, et Arnold müüs osa varudest musta turu kaudu isikliku kasu saamiseks.
30. augustil 30 saatis Arnold kirja, milles ta nõustus Clintoni tingimustega ja tegi André'le ettepaneku kohtumiseks veel ühe vahendaja kaudu: William Heroni, Connecticuti assamblee liikme, keda ta arvas, et võib usaldada. Heron läks New Yorki, teadmata kirja tähendust, ja pakkus oma teenuseid brittidele spioonina. Seejärel viis ta kirja tagasi Connecticutisse, kus ta Arnoldi tegevust kahtlustades andis selle üle Connecticuti miilitsaülemale. Kindral Parsons, nähes, et kiri on kirjutatud kui kodeeritud ärivestlus, pani selle kõrvale. Neli päeva hiljem saatis Arnold sõjavangi naise vahendusel New Yorki sarnase sisuga kodeeritud kirja. Lõpuks määrati kohtumine 11. septembriks Dobb's Ferry lähedal. See kohtumine nurjus, kui jõel olevad Briti suurtükiväelased, keda ei olnud teavitatud tema eelseisvast saabumisest, tulistasid tema paati.
Paljastatud krunt
Arnold ja André kohtusid lõpuks 21. septembril Joshua Hett Smithi majas. 22. septembri hommikul tulistas James Livingston, Verplanck's Pointis asuva eelposti ülem kolonel, HMS Vulture'i, laeva, mis pidi André tagasi New Yorki viima. See aktsioon kahjustas laeva ja see pidi taganema allavoolu, sundides André'd naasma New Yorki maismaad mööda. Arnold kirjutas André jaoks välja passid, et ta saaks liinidest läbi sõita, ja andis talle ka West Pointi plaanid. Laupäeval, 23. septembril tabasid André Tarrytowni lähedal kolm Westchesteri patriooti nimega John Paulding, Isaac Van Wart ja David Williams; dokumendid, mis paljastasid West Pointi vallutamise plaani, leiti ja saadeti Washingtoni ning Arnoldi reetmine tuli päevavalgele pärast seda, kui Washington neid uuris. Vahepeal veenis André pahaaimamatut komandöri, kellele ta üle anti, kolonel John Jamesoni, et ta saadaks ta tagasi Arnoldi juurde West Pointisse. Major Benjamin Tallmadge, Washingtoni salateenistuse liige, nõudis aga, et Jameson annaks käsu vangi kinni pidada ja tagasi tuua. Jameson kutsus vastumeelselt tagasi André'd Arnoldi kätte toimetanud leitnandi, kuid saatis seejärel sama leitnandi käskjalana Arnoldile André vahistamisest teatama.
Arnold sai André vangistamisest teada järgmisel hommikul, 24. septembril, kui ta sai Jamesonilt teate, et André on tema vahi all ja et André kaasas olevad dokumendid on saadetud kindral Washingtonile. Arnold sai Jamesoni kirja Washingtonit oodates, kellega ta kavatses koos hommikusööki süüa. Ta kiirustas kaldale ja käskis praamimeestel sõuda teda jõge mööda alla, kus oli ankrus laev Vulture, mis viis ta seejärel New Yorki. Laevalt kirjutas Arnold Washingtonile kirja, milles palus, et Peggyle antaks turvaline teekond tema perekonna juurde Philadelphiasse, mille Washington rahuldas. Kui talle esitati tõendid Arnoldi reetmise kohta, oli Washington väidetavalt rahulik. Ta uuris siiski reetmise ulatust ja tegi kindral Clintoniga peetud läbirääkimistel major André saatuse üle ettepaneku, et ta oleks nõus André Arnoldi vastu välja vahetama. Sellest ettepanekust Clinton keeldus; pärast sõjaväetribunali hukati André 2. oktoobril Tappanis, New Yorgis. Washington sulatas New Yorki ka mehi, et üritada Arnoldi röövida; see plaan, mis peaaegu õnnestus, ebaõnnestus, kui Arnold vahetas enne detsembris Virginiasse sõitmist elamispinda.
Arnold püüdis oma tegevust õigustada 1780. aasta oktoobris ajalehtedes avaldatud avalikus kirjas "Ameerika elanikele". Kirjas Washingtonile, milles ta palus Peggyle turvalist läbipääsu, kirjutas ta, et "armastus oma riigi vastu ajendab minu praegust käitumist, ükskõik kui see ka ei tunduks maailmale, kes väga harva otsustab ühegi mehe tegude üle õigesti, vastuolulisena".