Koloneli auaste
Kongressis oli Sickles liitunud lõunapoolsete demokraatidega ja oli ise orjameelne demokraat. Kuid pärast sõja puhkemist muutus Sickles järsku liidupoolseks. Tema viimane istungjärk kongressis lõppes märtsis, nii et Sickles oli sõja puhkemisel tagasi New Yorgis, kus ta tegeles advokaadina. Hilisemates versioonides oma motiivide kohta, miks ta liitus liidu armeega, teatas ta, et arvas, et saab liitu kõige paremini teenida, kui ta moodustab rügemendi. Vabariiklasest president Lincoln vajas demokraatide toetust ja ilmselt nägi Sickles'is üht, keda ta saaks kasutada. Pärast rügemendi ja seejärel brigaadi, mille ta nimetas Excelsior Brigade'iks, eeldas Sickles, et talle antakse brigaadikindrali auaste (kolonel juhatas rügementi, brigaadikindral aga brigaadi). Kuid ametlikult jäi ta esimese rügemendi koloneliks, kuigi ta käsutas kogu brigaadi. New Yorgi kuberner Edwin D. Morgan otsustas, et New Yorgi rügemente on liiga palju, ja käskis Sicklesil mõned rügemendid laiali saata. Selle tulemusena ei saanud Sickles brigaadikindrali ametikohta. Kubernerist mööda minnes läks Sickles Washingtoni, et kohtuda Lincolniga. President oli nõus võtma laiali saadetud rügemendid Ameerika Ühendriikide vabatahtlikena tööle. Lõpuks 20. juulil 1861 said nad käsu end Harpers Ferrysse, Lääne-Virginia osariigis, teatada. Septembris nimetati Sickles vabatahtlike brigaadikindraliks, kuid Ameerika Ühendriikide senat viivitas tema kinnitamisega mitu kuud. Sicklesi brigaad veetis suurema osa 1861. aastast Marylandi osariigi aladel. Sickles külastas sel ajal sageli Lincolni perekonda Washingtonis. Märtsis 1862 liideti tema väeosa kindral Joseph Hookeri juurde Potomaci armeesse. Samal kuul lükkas senat Sicklesi brigaadikindrali ametikoha tagasi. Excelsiors nägi sel kuul esimest korda lahingutegevust. Sickles juhtis isiklikult luuret. Seejärel lahkus ta 6. aprillil Excelsiorsist Washingtoni, et protestida selle vastu, et teda ei ole brigaadikindraliks nimetatud. Samal ajal kui tema üksus võitles Peninsula kampaanias, jäi Sickles Washingtoni. Lincoln nimetas ta uuesti kindraliks ja 3. mail 1862 kinnitas senat ta ametisse.
Brigaadikindral
24. mail sai "brigaadikindral" Sickles käsu anda Hookerile aru. Talle anti Hookeri 2. brigaadi juhtimine. Sickles nägi oma esimest suuremat lahingut Seven Pinesi lahingus. Sickles nägi järgmisena lahinguid Seitsme päeva lahingutes. Hookeri edasitung ei kulgenud hästi, osaliselt seetõttu, et Sicklesi brigaadil oli raskusi liikumisega läbi soode, mis kohtas siis tugevat konföderatsiooni vastupanu. Kui mõned tema mehed murdusid ja jooksid tagalasse, suutis Sickles vaid mõned neist tagasi saada. Sellegipoolest märkis Hooker oma aruandes Sicklesi vaprust oma meeste koondamisel. Ta ei jäänud sinna kauaks ja jättis vahele teise Bull Runi lahingu ja Antietami lahingu, kuna viibis New Yorgis, kus värbas mehi oma brigaadi jaoks. Kui Ambrose Burnside asendas George B. McClellani Potomac'i armee ülemana, tõsteti nii Hooker kui ka Sickles suuremate üksuste ülemaks. Sicklesil polnud veel peaaegu üldse lahingukogemust, kuid ta juhtis nüüd Hookeri vana III korpuse teist diviisi. Sickles oli hõivatud sellega, et New Yorgi ajalehed ja Washingtoni siseringi esindajad propageeriksid tema kui lahingukindla võitleva kindrali kuvandit.
Detsembris 1862 Fredericksburgi lahingus ei näinud Sicklesi brigaad lahingut enne kolmandat päeva. Ta ja tema väed jälgisid, kuidas liidu väed Lee konföderatsioonivägede vastu mäest ülespoole võitlesid. Pärast kella kahte käsutati Sickles lõpuks rindele. Oma mehi juhtides leidsid nad, et lahing oli nende lõigus enamasti lõppenud. Nad kindlustasid oma positsiooni piiratud snaipritule ja mõnede kokkupõrgete vastu, kuid muidu ei näinud ühtegi lahingut.
Kindralmajor
Kui Burnside asendati Potomac'i armee ülemana, tõsteti tema asemele Hooker. Muutusest tulenevates uutes ülesannetes ja kuigi tal oli vähe lahingukogemust, anti Sicklesile ajutiselt III korpuse ülemus. Kuid taas ei kinnitanud senat tema edutamist kindralmajoriks. Lõpuks, 9. märtsil (tema auastmega tagasi 29. novembrini) kinnitas senat tema edutamise. Märtsi lõpuks oli Sickles ametlikult kindralmajor. Erinevalt varasematest lahingutest nägi Sickles Chancellorsville'i lahingus lahingutegevust. Kui Sickles jälgis konföderatsioonikindral Stonewall Jacksoni flankatsioonimanöövrit, tungis ta ilma käsuta kahe kolmandikuga oma korpusest edasi, et minna konföderatsioonlaste järele. See jättis XI korpuse tema paremal poolel täiesti isoleerituks. Seejärel tegid Jacksoni konföderatsiooniväed XI korpusele purustava rünnaku. Sicklesi lahkumine talle määratud positsioonilt oli konföderatsiooni võidu peamine tegur. Sellega algas vaen Hookeri ja Sicklesi vahel, mis jätkus Gettysburgi lahingus. Hooker süüdistas Sicklesi Chancellorsville'i kaotuses.
Gettysburg
27. juunil astus Hooker tagasi Potomaci armee ülemuse kohalt. New York Herald soovitas tema asemele pakutud korpusekomandöride hulgast tegelikult Sickles'i kui parimat ülemat. 28. juunil, kolm päeva enne Gettysburgi lahingut, nimetas Lincoln Hookeri asemele kindral George G. Meade'i. 1. juulil lõppes esimene päev konföderatsiooni võiduga. Meade töötas selle nimel, et oma väed kiiresti paika panna järgmise päeva lahinguks. 2. juuli varahommikul saatis Meade Sicklesile sõnumi, milles andis korralduse paigutada oma 12 000-meheline korpus Cemetery Ridge'ile. Ta sai konkreetselt käsu ühineda kindral Winfield Scott Hancocki II korpusega paremal ja laiendada oma liini Little Round Topini vasakul.
Sickles ei olnud oma uuest ülemusest ega tema käskudest vaimustuses. Ta ratsutas umbes kell 11:00 Meade'i peakorterisse ja ootas Meade'i. Kuid komandör oli sel ajal hõivatud. Tundes end ignoreerituna, pöördus Sickles tagasi oma vägede juurde. Ta otsustas, et talle ei meeldinud tema käsud. Miili kaugusel tema ees oli Emmitsburgi tee, mis oli kõrgemal, kui talle oli määratud. Talle ei meeldinud ka see, et tema rinde vahel olid kivid ja puud. Sickles liigutas oma korpuse ilma käsuta ja teisi korpusejuhte teavitamata umbes ühe miili võrra ettepoole. See jättis Hancocki vasaku külje täiesti lahtiseks ja suure murru liinis, kus tema korpus pidi olema. Uus positsioon, mille ta valis, oli laiem kui see, mille ta hülgas, ja tal ei olnud piisavalt mehi, et seda täielikult katta. Tema liini keskosa moodustas saliendi (täisnurkne joon, mida võis rünnata kahest suunast). Brigaadikindral Henry Hunt, suurtükiväeülem, kontrollis koos Sicklesiga uut positsiooni ja juhtis tähelepanu probleemidele. Ta ütles, et peab Meade'ile järelepärima, kas tema poolt Sicklesile antud käske saab muuta. Sickles tegi selle käigu ikkagi. Tunni jooksul oli kogu tema III korpus konföderatsioonikindral James Longstreeti korpuse poolt peaaegu hävitatud. Sickles ise sai löögi suurtükikuuliga, mis purustas tema jala. Ta kanti väljakult maha ja tema parem jalg amputeeriti mõned tunnid hiljem. Vigastus võis päästa teda sõjakohtu eest käsu eiramise eest, kuid tema päevad väejuhina olid lõppenud.