Höss sündis Saksamaal Baden-Badenis 25. novembril 1900. Tema vanemad olid Franz Xaver Höss ja Lina Höss. Ta oli vanim kolmest lapsest ja ainus poeg. Hössi pere oli väga katoliiklik.
Oma autobiograafias ütles Höss, et lapsena röövisid mustlased ta lühiajaliselt.
Hössi isa oli endine Saksa sõjaväeohvitser, kes oli teeninud Saksa Ida-Aafrikas (Saksa koloonia, mis hõlmas praegused Burundi, Rwanda ja osa Tansaaniast). Pärast sõjaväest lahkumist juhtis ta tee- ja kohviettevõtet. Ta kasvatas oma poja rangete katoliiklike tõekspidamiste ja sõjaväelise distsipliini alusel. Ta oli otsustanud, et Hössist saab katoliku preester. Hössi varases lapsepõlves räägiti talle pidevalt patust, süüst ja vajadusest teha meeleparandust.
Höss hakkas juba noore teismelisena religiooni vastu pöörduma. See juhtus pärast seda, kui ta andis preestrile ülestunnistuse (ta rääkis preestrile, mida ta oli teinud valesti). Katoliiklikus usus on "usutunnistuse pitser" väidetavalt murdumatu. See tähendab, et preester ei tohi kunagi kellelegi rääkida, mida keegi on ülestunnistusel öelnud. Höss ütles, et talle hakkas religioon mitte meeldima, kui preester rääkis Hössi isale midagi, mida Höss oli ülestunnistusel öelnud. Varsti pärast seda suri Höss'i isa ja Höss hakkas liikuma sõjaväelise elu poole.
Kui algas Esimene maailmasõda, teenis Höss lühikest aega sõjaväehaiglas. Siis, 14-aastaselt, lubati tal astuda oma isa ja vanaisa vanasse rügementi, Saksa armee 21. Dragoonide rügementi. 15-aastaselt võitles ta Osmanite kuuenda armee koosseisus Bagdadis, Kut-el-Amaras ja Palestiinas. Türgis viibides tõusis ta Feldwebeli (seersandi) auastmele. 17-aastaselt oli ta noorim allohvitser Saksa armees. Sõjaväes olles sai ta kolm korda haavata ja haigestus malaariasse. Ta sai Osmani impeeriumi Gallipoli tähe, Raudristi esimese ja teise klassi ning muid teenetemärke.
Natside karjäär
Pärast Saksamaa kapituleerumist 1918. aasta novembris lõpetas Höss keskkooli. Peagi liitus ta moodustuvate natsionalistlike poolsõjaliste rühmitustega. Kõigepealt liitus ta Ida-Preisi vabatahtlike korpusega. Seejärel liitus ta Freikorps Rossbachiga Läänemere-, Sileesia- ja Ruhri-äärsetes riikides. Höss osales relvastatud terrorirünnakutes Poola rahva vastu Sileesia ülestõusude ajal (kui poolakad üritasid Saksa kontrolli alt välja murda). Samuti osales ta Ruhri okupatsiooni ajal (kui Prantsusmaa ja Belgia okupeerisid Saksamaal asuva Ruhri oru) terrorirünnakutes prantslaste vastu.
Höss astus natside parteisse 1922. aastal pärast Adolf Hitleri kõnet Münchenis. Höss juhtis vähemalt ühte poliitilist mõrva ja veetis selle eest kuus aastat vanglas.
31. mail 1923 peksid Höss ja Freikorpsi (saksa vabatahtlike sõdurite) liikmed Saksamaal Mecklenburgis surnuks kohaliku kooliõpetaja Walther Kadow. Nad tegid seda, sest Martin Bormann soovis seda. Bormannist sai hiljem Hitleri erasekretär. Bormann arvas, et Kadow oli Prantsuse okupatsioonivalitsusele öelnud, et natsisõdur Albert Leo Schlageter saboteeris Prantsuse varustuseliinid. Schlageter arreteeriti ja hukati 26. mail 1923. Varsti pärast seda tapsid Höss ja mitmed kaasosalised, sealhulgas Bormann, kättemaksust Kadow. Pärast seda, kui üks tapjatest tunnistas 1923. aastal kohalikule ajalehele, arreteeriti Höss ja mõisteti kohtu alla kui mõrva juht. Hiljem ütles Höss, et tegelikult oli vastutavaks teine mees, kuid sel ajal võttis Höss kui grupi juht süüdistuse vastu. Ta mõisteti süüdi ja mõisteti süüdi (15. või 17. mail 1924). Tema karistuseks oli 10 aastat Brandenburgi vanglat (vangla). Bormannile määrati üheaastane vanglakaristus.
Höss vabastati 1928. aasta juulis üldise amnestia raames. Ta liitus Völkischi liikumisega ("Artamanide Liit"), rahvusliku "tagasi maale" liikumisega, mis toetas puhast taluelu.
17. augustil 1929 abiellus Höss Hedwig Henseliga (3. märts 1908 - 1989), kellega ta tutvus Artaman Liigas. Aastatel 1930-1943 sündis neil viis last: kaks poega (Klaus ja Hans-Rudolf) ja kolm tütart (Ingebrigitt, Heidetraut ja Annegret).
SS-iga liitumine
Höss astus SS-i liikmeks 1. aprillil 1934, kui Heinrich Himmler julgustas kõiki natsimehi SS-i astuma. Höss liitus samal aastal SS-Totenkopfverbände (surmapeaüksused). Ta hakkas Himmlerit nii väga imetlema, et pidas kõike, mida Himmler ütles, "evangeeliumiks". Ta eelistas isegi Hitleri pildi asemel Himmleri pilti oma kabinetis välja panna.
Höss paigutati 1934. aasta detsembris Dachau koonduslaagrisse. Seal oli ta Blockführer ("plokkide juht"), mis tähendab, et ta oli vastutav ühe vangide baraki eest. 1938. aastal edutati Höss SS-Hauptsturmführeriks (kapteniks) ja temast sai Hermann Baranowski abiline Sachsenhauseni koonduslaagris.
Höss liitus Waffen-SS-iga 1939. aastal pärast seda, kui natsi-Saksamaa tungis Poolasse. Höss oli oma töös hea ja tema ülemused tegid talle ettepaneku, et teda tuleks edutada (anda talle parem töö). Oma sealse teenistusaja lõpuks oli Höss vastutav vangide asjade eest.
Auschwitzi komando
1. mail 1940 määrati Höss Auschwitzi komandandiks, mis oli koondus- ja hävituslaagri kombinatsioon. Höss juhtis laagrit kolm ja pool aastat. Selle aja jooksul muutis ta esialgse laagri tohutu kompleksiks (laagrite rühmaks), mida nimetati Auschwitz-Birkenau. Höss läks Auschwitzi, olles otsustanud "teha asju teistmoodi" ja töötada välja tõhusama laagri kui Dachau ja Sachsenhauseni laagrid, kus ta oli varem töötanud. Höss elas Auschwitzis villas koos oma naise ja viie lapsega.
Esimesed Auschwitzi kinnipeetavad olid nõukogude sõjavangid ja Poola vangid, sealhulgas talupojad ja intellektuaalid. Umbes 700 neist vangidest saabus Auschwitzi 1940. aasta juunis; natsivalvurid ütlesid neile, et nad ei jää ellu kauem kui 3 kuud.
Auschwitz hõlmas oma suurimas mahus kolme suurt laagrit:
- Auschwitz I: Kogu kompleksi halduskeskus
- Auschwitz II (Auschwitz-Birkenau): Hävituslaager, kuhu inimesed saadeti kohe tapmisele.
- Auschwitz III (Monowitz): I.G. Farbeni ja hiljem teiste Saksa ettevõtete jaoks orjatööle sunnitud vangid.
Läheduses oli ka palju väiksemaid "all-laagreid". Auschwitzi kompleks ehitati umbes 8000 hektarile (20 000 aakrile), mis oli puhastatud kõigist seal elavatest inimestest.
1941. aasta juunis kohtus Höss Berliinis SS-komandör Heinrich Himmleriga. Himmler ütles Hössile, et Hitler oli andnud käsu lõpliku lahenduse jaoks - tappa kogu juudi rahvas. Himmler oli valinud Auschwitzi kohaks, kus Euroopa juudid hävitatakse. Ta valis Auschwitzi "[selle] tõttu, et sinna oli lihtne pääseda raudteel [rongiga] ja ka seetõttu, et ulatuslik ala pakkus ruumi isolatsiooni tagavate meetmete jaoks". See tähendas, et Auschwitz oli piisavalt suur, et juutide genotsiidi saaks hoida salajas. Himmler kirjeldas projekti kui "salajast Reichi asja". Höss ütles hiljem, et "keegi ei tohtinud neist asjadest kellelegi rääkida ja et igaüks lubas oma elu peale, et ta peab hoidma ülimat saladust".
Höss alustas 3. septembril 1941 massimõrvade tehnika katsetamist ja täiustamist. Tema eksperimendid tegid Auschwitzi laagriks, kus tapeti holokausti ajal kõige rohkem vange. Höss ütles hiljem, et Auschwitzi tavalise päeva jooksul saabus iga päev neli kuni kuus nädalat kestnud ajavahemike jooksul kaks kuni kolm rongi, millest igaühes oli 2000 vangi. Vangid laaditi maha Birkenau surmalaagris. Vangid, kes olid tugevad, terved ja töövõimelised, marssisid kas Birkenaus või ühes teises Auschwitzi laagris asuvatesse barakkidesse. Vangid, kes olid eakad, väga noored, haiged või sunnitööks võimetud, tapeti gaasikambrites, mis olid maskeeritud duširuumideks. Alguses asusid väikesed gaasipunkrid sügaval metsas, et hoida neid salajas. Hiljem ehitati Birkenausse neli suurt gaasikambrit ja krematooriumi, et natsidel oleks lihtsam rohkem inimesi kiiremini tappa.
Tehniliselt ei olnud [see] nii raske - ei oleks olnud raske hävitada isegi suuremaid numbreid..... Tapmine ise võttis kõige vähem aega. Te võisite kõrvaldada 2000 [inimest] poole tunniga, kuid põletamine oli see, mis võttis kogu aja. Tapmine oli lihtne; polnud vaja isegi valvureid, kes neid kambritesse ajaksid; nad läksid lihtsalt sisse, oodates duši all käimist, ja vee asemel lülitasime sisse mürkgaasi. Kogu asi läks väga kiiresti.
Höss katsetas erinevate mürkgaasidega. Kõigepealt kasutas ta väävelhappega immutatud puuvillaseid filtreid. Hiljem hakkas Höss kasutama pestitsiidist Zyklon B valmistatud vesiniktsüaniidi (väävelhapet) pärast seda, kui tema asetäitja Karl Fritzsch katsetas seda 1941. aastal rühma vene vangide peal. Höss ütles, et kui ta kasutas Zyklon B-d, võttis vangide surm aega 3-15 minutit ja et "me teadsime, kui inimesed olid surnud, sest nad lakkasid karjumast".
Pärast Auschwitzi
10. novembril 1943 sai Arthur Liebehenschelist Auschwitzi komandant. Höss võttis üle Liebehenscheli viimase ametikoha, mis oli koonduslaagreid juhtiva SS-Wirtschafts-Verwaltungshauptamt'i (WVHA) Amtsgruppe D I esimees. Höss sai ka kõigi koonduslaagrite inspektori Richard Glücksi asetäitjaks (assistendiks).
8. mail 1944 pöördus Höss tagasi Auschwitzisse, et juhtida operatsiooni Aktion Höss. Aktion Hössiga saadeti 430 000 Ungari juuti Auschwitzi ja tapeti 56 päeva jooksul. Isegi Höss'i ehitatud tohutu rajatis ei suutnud ohvrite tohutu hulga surnukehadega toime tulla. Laagri personal pidi põletama tuhandeid surnukehi lahtistes tulekolletes.